净化工程单位在施工建设完成后，还要考虑到如何让净化工程中产生的污浊气体排出的问题，这就牵涉到净化工程的净化空气系统了，现有净化工程都是通过空调来实现净化空气的。那么净化空调的制作和安装，必须在保证净化工程所需达到的洁净级别的情况下完成。净化工程单位对净化空调系统的风管制作则更需要精细，风管的制作应该在洁净的环境或相对封闭的环境里进行，地板也应是橡胶地板或其它防护材料，在风管与其它各个部件之间的缝隙应用密封胶密封，风管的管内管外都应该进行彻底的清洗，检测无尘后用薄膜将开口处封闭。制作好的风管在安装时也要注意务必保证风管的连接处严密不漏。

  百级净化工程的净化空调系统中还离不开过滤器，而高效过滤器的安装必须在洁净室的内装工程全部完成且空调系统空吹合格后进行。过滤器的外包装不得进入洁净室，而内层的包装须在室内拆开，安装的过程中务必保证滤料的清洁和严密。在净化空调系统安装好后，在净化系统调试的时候要注意检测空调系统风量和风压；风口风量与系统风量是否平衡；室内静压差检测等，如检测结果不符合规定，则要通过调整或整改最后达到要求。